Федеральный бюджет должен потерпевшим 9,5 млрд руб.
5154 жителя пяти сёл Унцукульского и Гергебильского районов Дагестана 24 ноября направили обращение президенту России Владимиру Путину. Они жалуются, что так и не получили компенсацию за дома, хозпостройки и сады, затопленные во время строительства Ирганайской ГЭС в 2008 году. Хотя основная ответственность за невыплату компенсаций лежит на дагестанских властях, федеральные власти тоже виноваты: именно в их собственности находится ГЭС, поэтому и компенсация должна быть выплачена из федерального бюджета. А это значит, что федеральные власти должны были наладить систему выплаты компенсаций и контролировать её работу. Федеральный бюджет должен потерпевшим 9,5 млрд руб.
1805 га земли (по площади примерно равно двум тысячам футбольных полей) затопили в 2008 году — по словам авторов обращения, «затопили хладнокровно и цинично»: «Сначала, когда мы начали устраивать митинги, пообещали, что затапливать не будут. Но однажды ночью мы проснулись оттого, что в наши дома прибывала вода. Нам пришлось в спешке уйти из родных мест, взяв только то, что можно было унести».
Поскольку водохранилище находится в федеральной собственности и обязанность выплатить компенсации лежит на федеральном бюджете, пострадавшие обращались и к Путину, и к Медведеву, когда он был президентом.
11 августа 2010 года Медведев дал указание включить завершение строительства Ирганайской ГЭС в Федеральную целевую программу по Дагестану. 4 мая 2011 года правительственная комиссия по вопросам социально-экономического развития СКФО поручила Минэнерго, Минрегиону, Минфину и Минэконоразвития решить проблему. С тех пор прошло девять лет, но компенсаций люди так и не увидели.
Сумма компенсаций, подсчитанная в 2012 году Ленгидропроектом, составила 9,5 млрд руб.
В 2013–2016 годах правительство Дагестана и федеральный Минрегионразвития пытались согласовать бюджетную заявку, но безуспешно.
В марте 2020 года ирганайцы при поддержке «Мемориала» снова подняли вопрос о компенсации перед российским правительством. Обращение было переправлено в Минэкономразвития, которое предложило правительству Дагестана прислать бюджетные заявки в федеральные структуры. Правительство Дагестана не торопится, опасаясь, что заявка, на составление которой нужно потратить несколько десятков млн руб., снова не будет принята федеральными органами.
19 июня 2020 года председатель Правительства Дагестана Артём Здунов направил в Минэкономразвития письмо, в котором попросил помочь с решением вопроса о финансировании завершающего этапа строительства ГЭС. Однако до сих пор никаких существенных подвижек в согласовании документов не было.
Напомнив Путину, что в начале первого президентского срока он поставил перед собой задачу навести порядок в органах власти, дагестанцы попросили его «продемонстрировать… что 20 лет строительства исполнительной вертикали власти были ненапрасными; что вертикаль может слаженно работать и компенсировать ущерб, причинённый двенадцатью годами неэффективности и бездействия».