Обвинения Н. Андрущенко выдвинуты по ст. 129 (клевета), ст. 319 (публичное оскорбление власти) и ст. 280 (экстремизм).
27 ноября 2007 года журналист и его адвокаты подали кассационные жалобы на решение Дзержинского суда.
18 декабря 2007 года Андрущенко был на месяц направлен на судебно-психиатрическую экспертизу. А 22 января 2008 года Дзержинский суд продлил срок содержания Николая Андрущенко еще на два месяца – до 21 марта включительно.
На судебном заседании 20 марта 2008 года судья Дзержинского районного суда Валерий Тарасов вынес решение еще продлить срок нахождения Николая Андрущенко в следственном изоляторе на два месяца – до 22 мая 2008 года включительно. В ходе судебного слушания 20 мая 2008 года мера пресечения журналиста и соучредителя газеты "Новый Петербург" Николая Андрущенко была изменена с ареста на подписку о невыезде.
22 июня 2009 года Николай Андрущенко был признан Дзержинским судом виновным в оскорблении представителя государственной власти в связи с исполнением им своих должностных обязанностей — сотрудника прокуратуры Петербурга Дмитрия Мазурова, за что и приговорен к 20 тысячам рублей штрафа. Также Дзержинский суд признал Андрущенко виновным в разжигании социальной розни в отношении еще двух сотрудников прокуратуры Петербурга — Елены Сидоренко и Константина Шарыгина — и назначил ему один год условного лишения свободы, но освободил от этого наказания за истечением срока давности.
20 октября 2009 г. Николай Андрущенко освобожден от наказания, вынесенного ему 22 июня, за истечением срока давности.
Основания для признания политзаключенным: связь преследований Андрущенко с его оппозиционной деятельностью критическими публикациями журналиста в адрес властей.
Адвокаты и коллеги журналиста истинной причиной обысков и ареста считают его поддержку оппозиционной коалиции "Другая Россия". Перед "Маршем несогласных" 25 ноября номер "Нового Петербурга" с публикацией Андрущенко "Почему мы пойдем 25 ноября на "Марш несогласных"" сначала отказалась печатать типография, а когда он все же был напечатан в другой, весь тираж был арестован сотрудниками милиции. 29 ноября выпуск газеты был приостановлен: Россвязьохранкультура обнаружила признаки "разжигания межнациональной розни" в двух материалах, в том числе статье Николая Андрущенко.
Вменяется сопротивление работникам милиции и воспрепятствование обыску в своей квартире. Обыск проходил в рамках уголовного дела о клевете в адрес главы жилищного комитета администрации Санкт-Петербурга Юниса Лукманова в публикациях, вышедших еще в начале 2006 года.
Кроме того, отказавшийся от гражданства РФ журналист обвинялся еще в клевете на судью и давлении на суд из-за серии статей, посвященных процессу об убийстве конголезского студента в 2004 году (напомним, сначала присяжные оправдали обвиняемых в убийстве, Верховный суд отправил дело на пересмотр и со второй попытки был вынесен обвинительный приговор).
Признание лица политзаключённым не означает ни согласия ПЦ «Мемориал» со взглядами и высказываниями признаваемых политзаключёнными лиц, ни одобрения их высказываний или действий.
В редакции газеты "Новый Петербург" 23 ноября прошел обыск. 29-го ноября решением судьи Городского суда Нины Антоновой выпуск газеты был приостановлен.
С 18.12. 2007 по 16.01.2008 проходил экспертизу в психиатрической больнице.
Адвокат задержанного Константин Кузьминых.
Как рассказала "Эху Санкт-Петербурга" гендиректор издательского дома "Новый Петербург" Алевтина Агеева, 64-летнего Андрущенко, страдающего гипертонической болезнью, сразу посадили в изолятор. "Когда Андрущенко был на первом заседании суда, он говорил, что к нему применялись пытки холодом. Его держали без теплой одежды, без одеяла, без подушки. Потом, когда его перевели в СИЗО на Лебедева 4, там его бросили в карцер. Семь дней держали его в карцере. Хотя никаких провинностей за ним не было. То есть на него оказывалось давление, его пугали", – заявила Агеева.
Находясь в СИЗО, написал письмо руководителям России и ведущих государств об отказе от российского гражданства.
