Центрально-Азиатская программа ПЦ "Мемориал" была создана в 1999 г. Основным направлением работы является мониторинг политических и религиозных преследований в регионе, прежде всего в Узбекистане, Туркменистане и Кыргызстане. Мониторинг репрессий осуществляется в тесном взаимодействии с правозащитниками из различных стран.
С 1999 года
по Узбекистану поддерживаются и постоянно обновляются списки лиц, подвергшихся уголовному преследованию по политическим и религиозным мотивам. В настоящее время они включают сведения о более 6000 человек, репрессированных начиная с декабря 1997 года, а также около 1000 человек, объявленных в розыск. (Списки 1997-2003, Списки 2004-2008) Документальный архив включает более 20 тыс. страниц документов на узбекском языке, включая около 800 судебных решений по уголовным делам, имеются переводы многих из них на русский язык. В 2009 году начата работа по размещению части этих документов на сайте "Мемориала".
Начиная с 2005 года программа осуществляет мониторинг дел, связанных с задержаниями по экстрадиционным запросам, депортациями или похищениями узбекских беженцев на территории различных стран (России, Украины, Казахстана, Кыргызстана, Турции). В сентябре 2007 года совместно с Комитетом "Гражданское содействие" был подготовлен доклад "Беженцы из Узбекистана в странах СНГ: угроза экстрадиции".
В Туркменистане (одном из наиболее закрытых государств СНГ) программа более 10 лет осуществляет мониторинг ситуации, сохраняя контакты с активистами гражданского общества внутри страны. Многие сообщения ПЦ "Мемориал" цитировались в отчете 2003 года специального докладчика ОБСЕ по Туркменистану, назначенного в рамках "московского механизма". В 2002-2003 гг. ПЦ «Мемориал» был инициатором конференций по Туркменистану в Вене, Москве и Праге с участием активистов гражданского общества, политических эмигрантов, международных правозащитных организаций. В 2002-2010 гг. руководитель программы участвовал в конференциях, брифингах и рабочих встречах в различных странах, связанных с ситуацией в Туркменистане.
Осенью 2008 г. был подготовлен специальный отчет о сентябрьском вооруженном инциденте в Ашхабаде. (События в Ашхабаде 10-13 сентября 2008 г.)
В Кыргызстане и Казахстане, начиная с 2005 года, работа сосредоточена на мониторинге случаев насильственного возвращения узбекских беженцев и фабрикации уголовных дел об исламском экстремизме. В январе 2007 года был подготовлен доклад о нарушениях прав человека в ходе кампании по борьбе с независимыми мусульманскими общинами в Западном Казахстане.
В январе 2009 года был подготовлен отчет о нарушениях прав человека по делу о «ноокатских событиях» в Южном Кыргызстане, после чего сотрудники программы были депортированы из Кыргызстана.
20 октября 2009 года ПЦ «Мемориал» совместно с Обществом политэмигрантов из Центральной Азии организовал пикетирование посольства Кыргызстана в связи с нарушениями прав человека в этой стране.
14-15 декабря 2009 года по инициативе ПЦ «Мемориал» в Алматы (Казахстан) совместно с местными представительствами Freedom House и IWPR была проведена региональная конференция «Борьба с терроризмом и права человека в Центральной Азии», с участием 34 правозащитников, адвокатов, сотрудников региональных представительств международных организаций. Конференция позволила обменяться информацией и опытом работы, обозначить основные проблемы, стоящие перед местными правозащитниками, работающими по данной теме.