В конце февраля 2004 г. Генеральная прокуратура России предъявила обвинение Владимиру Малину. 4 марта 2004 г. по ходатайству Генпрокуратуры РФ В. Малин был отстранен от исполнения обязанностей председателя РФФИ.
Уголовное дело в отношении В.Малина в суд было передано в конце декабря 2004 г. Ему было предъявлено обвинение в превышении должностных полномочий с причинением тяжких последствий (ч. 3 ст. 286 УК РФ) и получении коммерческого подкупа (ч. 3 ст. 204 УК РФ).
«Дело Малина» стало одним из ответвлений масштабного расследования Генпрокуратуры в отношении руководителей ЮКОСа (Михаил Ходорковский и Платон Лебедев были приговорены к 8 годам колонии каждый). В частности, обвинение чиновника в превышении служебных полномочий основано на том, что он от имени РФФИ в 2002 году заключил мировое соглашение с подконтрольным нефтяникам АОЗТ «Волна». В 1994 году от имени этого предприятия банк МЕНАТЕП приобрел 20% акций «Апатита» за 425 млн рублей, пообещав при этом инвестировать в «Апатит» 283 млн долл. Но деньги на счет «Апатита» не поступили, и РФФИ стало добиваться - причем, единственное из всех прочих госведомств -- возмещения акций в судах. В результате ноябре 2002 года РФФИ и «Волна» заключили мировое соглашение, по которому фирма выплатила государству в счет компенсации за акции «Апатита» 15 млн долларов.
Уже позже, когда началось «дело ЮКОСа», Генпрокуратура посчитала, эта цена не соответствовала рыночной, которая в то время составляла 62 млн долларов. Хотя, еще в 2003 году, сразу после того, как суд утвердил мирового соглашения, сам генпрокурор Владимир Устинов сообщил правительству, что ситуация не содержит поводов для претензий со стороны его ведомства, так как до суда ведомство г-на Малина согласовало с Генпрокуратурой действия относительно проштрафившейся «Волны». Более того, как отмечают адвокаты г-на Малина, именно РФФИ выдвигало постоянные претензии в ЮКОСу, за что Михаил Ходорковский даже грозил фонду судом. Однако Генпрокуратура посчитала, что г-н Малин находился в сговоре с Ходорковским и Лебедевым.
В их же интересах, по версии прокурора, г-н Малин якобы совершил и «коммерческий подкуп», когда, занимая должность председателя Совета директоров ОАО «Мурманский морской торговый порт» (ММТП), в 2001-2002 годах вступил в сговор с владельцем ЗАО «Агросфера» Сосланом Харебовым с целью приобретения контрольного пакета акций ММТМ и оформления его на последнего. Г-н Харебов являлся соучредителем АО «Агросфера», владевшую причалами в порту, через которые проходила перевалка апатитового концентрата, принадлежащего олигархам. Как сказано в обвинительном заключении, для того, чтобы Харебов сохранил владение причалом, Малин якобы и стал председателем совета директоров ММПТ, а затем помог Харебову получить 22% акций ММПТ.
Однако адвокаты г-на Малина отмечали, что и тут он действовал, наоборот, против интересов Лебедева и Ходорковского, причем в совет директоров ММТП он был назначен по инициативе правительства. Адвокат обвиняемого г-жа Мове вчера комментировать выступление гособвинителя отказалась, сославшись на то, что основные доводы «против» выскажет во время прений в пятницу.
Отвечая на вопросы журналистов, Малин объяснил, что не имеет отношения ни к выбору оценщика акций «Апатита», ни к утверждению в суде мирового соглашения. «Я выдал только доверенность сотруднику, который подписал в суде мировое соглашение, - уточнил он. - Этот человек наделен абсолютно самостоятельными полномочиями». Напоследок Малин выразил надежду, что «следствие во всем объективно разберется».
27.12.2005 – Замоскворецкий суд Москвы признал его виновным в превышении должностных полномочий (статья 286 УК РФ) и коммерческом подкупе (статья 204 УК РФ). В приговоре указано, что по сговору с Ходорковским и Лебедевым, а также с действующими с ними лицами, заключил в 2002 незаконное мировое соглашение от имени РФФИ с АОЗТ "Волна". Кроме того, следствие пришло к выводу, что Малин оказывал покровительство владельцу компании ЗАО "Агросфера", осуществлявшей перегрузку минеральных удобрений на базе 19-го причала (Мурманск), через который, по данным Генпрокуратуры, осуществлялась перевалка минеральных удобрений организациями, подконтрольными Ходорковскому и Лебедеву.
Приговорен к четырем годам лишения свободы условно, лишен права занимать государственную должность в течение трех лет. Кроме того, суд определил Малину испытательный срок пять лет.
