Балуеву предъявлено обвинение по ст. 30 УК РФ "Приготовление к преступлению и покушение на преступление" и ст. 205 "Терроризм".
По версии следствия, Балуев и Русаков готовились к совершению серии терактов 9 мая 2005 года, несмотря на то, что оба были задержаны позднее этой даты.
Был арестован в мае 2005 года сотрудниками новосибирского УФСБ вместе с нацболом Вячеславом Русаковым. 13 мая 2005 года они были заключены под стражу, в СИЗО 1 города Новосибирска. 24 мая 2006 года, когда дело Балуева и Русакова уже находилось в суде, врачи установили у Балуева расстройство психической деятельности. Он был признан психически невменяемым. В связи с этим в судебном процессе был объявлен перерыв. Николай Балуев был направлен в институт имени Сербского в Москву для прохождения стационарной судебно-психиатрической экспертизы. Затем уголовные дела Русакова и Балуева были разделены.
20 мая 2008 года принудительное лечение Балуева была завершено. Врачи решили, что его "душевное заболевание" удалось излечить. Балуев был вновь помещен в СИЗО. По решению суда от 2 июля 2008 года новосибирскому нацболу Николаю Балуеву был вновь продлен срок содержания в СИЗО на 2 месяца, несмотря на резкое ухудшение физического состояния. У него частичный паралич тела, в тюремной больнице он перенес менингит и воспаление легких, он потерял возможность говорить (врачи говорят, что временно). 22 июля 2008г. дело возобновлено передано в УФСБ, следствие продолжилось.
Имеются веские основания, подозревать следствие в фальсификации дела.
В СИЗО Вячеслав Александрович Русаков написал заявление, в котором говорит, что "все обвинения в терроризме надуманы, не имеют под собой реальной основы и строятся на показаниях двух свидетелей, которые являются внештатными сотрудниками ФСБ, а также не заключениях экспертизы, которую проводило то же ФСБ". "Материалы дела №2239 свидетельствуют о том, что мы в этот день (9 мая) не проводили и не собирались проводить никаких незаконных акций. Я и мои товарищи мирно и без оружия отмечали праздник, находясь весь день в Сквере Славы и на площади Ленина, как и тысячи других людей. Между тем, при наличии реального умысла на совершение террористических актов мы могли попытаться их организовать, т.к. в этот день оружие и часть взрывчатых веществ находились у меня дома и я имел бы возможность при желании их использовать (точнее – оружие, т.к. используя те взрывчатые вещества и предметы, которые хранились у меня дома и в тайнике, вообще невозможно изготовить пригодное к действию самодельное взрывчатое устройство, о чём также говорилось в ходе следствия). Обыск у меня дома был произведен лишь 12 мая 2005 года и в тот же день я был арестован. Николай Балуев, также проходящий обвиняемым по делу №2239, был арестован 13 мая 2005 года. Таким образом, даже простое сопоставление дат говорит о том, что на 9 мая никаких терактов мы не планировали, как и в другие дни. Я действительно хранил дома мелкокалиберную винтовку для охоты и переделанный газовый пистолет для самообороны, а также взрывчатые вещества для продажи, т.к. испытывал материальные трудности и должен был содержать больных родителей. При этом идею добывать и продавать взрывчатку предложил Дмитрий Казаков, активно сотрудничавший с ФСБ, о чём также говорится в материалах дела," - говорится в заявлении Вячеслава Русакова.
10 августа 2007 года в Новосибирском областном суде Русакову Вячеславу Александровичу был вынесен приговор. Он был признан виновным в ч. 1 и ч. 2 ст. 222 УК РФ ("Незаконные приобретение, передача, сбыт, хранение, перевозка или ношение оружия, совершенные группой лиц по предварительному сговору") и в ч. 1 ст. 223 ("Незаконное изготовление оружия"). Суд приговорил его к четырем годам колонии общего режима, признав, что взрывчатка готовилась не для террористических актов, а для глушения рыбы, а оружие - для охоты. По ст. 205 УК РФ (терроризм) он осужден не был. Тем не менее, уголовное преследование Балуева продолжилось.
3 ноября 2008 г. Балуев был освобожден из-под стражи. Следователь УФСБ заявил, что оснований для изменения меры пресечения Балуеву нет, и просил продлить обвиняемому срок ареста еще на два месяца — до 3 января 2009 года. Это ходатайство поддержал представитель прокуратуры. Со своей стороны, адвокат Фисенко отметил, что следственные действия с его клиентом контрразведчики не проводят уже пять месяцев, и попросил оставить ходатайство прокуратуры без удовлетворения. Судья Потапов согласился с доводами защиты. Суд учел, что за время нахождения под стражей состояние здоровья бывшего «лимоновца» сильно ухудшилось - он почти не разговаривает, не может самостоятельно ходить и принимает еду только при помощи посторонних.
Из изолятора № 1, откуда Балуев мог по телемосту наблюдать за процессом, его вынесли, поскольку у него были парализованы ноги.
Однако 6 ноября 2008 представитель прокуратуры Павел Илык сообщил, что прокуратура Новосибирской области обжалует решение областного суда. По его словам, прокуратура готовит кассационное представление с требованием отменить решение областного суда и снова заключить Балуева под стражу, которое будет подано в Верховный суд России.
«Балуев обвиняется в приготовлении террористического акта. Никто не может дать гарантий, что он, находясь на свободе, не совершит преступных действий», - сказал Илык. По сообщению агентства Интерфакс, 12 ноября прокуратура обжаловала решение судьи Потапова.
21 мая 2014 г. Калининский районный суд г. Новосибирска вынес обвинительный приговор в отношении Балуева Н.Н, который был признан виновными в совершении преступления, предусмотренного ч. 2 ст. 222 УК РФ (незаконное приобретение, ношение и хранение боеприпасов и взрывчатых веществ, группой лиц по предварительному сговору) и ему назначено наказание в виде лишения свободы сроком на 2 года 6 месяцев. В срок назначенного наказания зачтено время его нахождения под стражей и время лечения в психиатрическом стационаре, в связи с чем, назначенное судом наказание в виде лишения свободы отбыто им полностью.
Обращения в защиту осужденного:
25 июля нацболы отнесли обращение Уполномоченному по правам человека Владимиру Лукину, в котором просили разобраться в деле политзаключенного нацбола Николая Балуева и помочь ему выжить.
