21 ноября 2007 г. Большаков был задержан на Курском вокзале Москвы и доставлен в Зюзинскую межрайонную прокуратуру, но вскоре был выпущен на свободу.
8 апреля 2008 г. повторно арестован на выходе из метро в Москве. Через несколько часов был отпущен после допроса в Зюзинской межрайонной прокуратуре.
Обвинялся по ч. 2 ст. 318 УК РФ в «применении насилия, опасного для здоровья в отношении сотрудника милиции». Ивана Большакова обвинили в том, что он сломал руку подполковнику милиции при разгоне акции в защиту жителей п. Южное Бутово в мае 2007 г. Первоначально он проходил по этому делу как свидетель (до января 2008 г.), но впоследствии стал обвиняемым.
29 декабря 2008 г. Зюзинский районный суд Москвы (судья Леонид Чечко) приговорил Ивана Большакова к 5 годам условно с испытательным сроком в пять лет.
Большаков своей вины не признал. Защита намерена обжаловать приговор в кассационном порядке.
Все материалы уголовного дела, включая две видеозаписи, опровергают вину Большакова. Большая часть свидетелей дала показания в защиту Большакова и подтвердила его невиновность. Однако двое свидетелей обвинения изменили свои показания на суде. Так, бывший глава Управы Южное Бутово Сергей Гаврилов, противореча сам себе, заявил, что видел момент задержания Большакова и то, как он ломал руку милиционеру. На следствии Гаврилов утверждал, что в момент задержания находился в другом месте и видеть ничего не мог. Заместитель начальника ОВД Южное Бутово Валерий Пономарев, заявлявший на следствии, что во время разгона мирной акции в поселке, он «находился в своем рабочем кабинете и на мероприятие не выезжал», стал утверждать, что присутствовал при задержании Большакова и видел, как он «вывернул» руку подполковнику милиции. Несмотря на протесты адвоката Елены Устинович, судья Леонид Чечко не усмотрел серьезных противоречий в показаниях стороны обвинения, и в нарушение норм уголовно-процессуального кодекса все ходатайства об исключении протоколов допроса Гаврилова и Пономарева из доказательств отклонил.
Суд также отказался провести повторную экспертизу и исключить из доказательств заключение судебно-медицинской экспертизы, проведенной следствием. По мнению защиты, данная экспертиза была проведена с серьезными нарушениями законодательства, без присутствия потерпевшего, без изучения всех необходимых медицинских документов и малокомпетентным специалистом. Согласно заключениям независимых экспертов с тридцатилетним стажем работы, перелом шиловидного отростка локтевой кости, зафиксированный у милиционера, образуется только при падении на руку, и иного механизма его образования судебно-медицинская практика не знает.
Также выяснилось, что следствие смонтировало и подменило видеозапись пикета 24 мая, на котором Большаков якобы сломал милиционеру руку. Из видеозаписей различных противостояний жителей поселка Бутово с милицией, происходивших в разные дни, был смонтирован видеоряд, представлявший эти противостояния как единое событие одного дня.
Региональный совет Московского отделения партии "Яблоко" сделал заявление по делу заместителя председателя Московского "Яблока" Ивана Большакова: "Мы считаем уголовное дело против него, заведенное по сфабрикованному обвинению, – акцией запугивания, направленной против всех "яблочников", которые занимаются защитой социальных, гражданских и политических прав людей", – говорится в заявлении. В нем отмечается также, что это "личная месть И. Большакову, связанная с его активной работой по отстаиванию интересов москвичей".
Адвокат: Елена Устинович.
